小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日,宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活,因此非常讨厌人类,但这条神奇的锁链却让他们无法分开,奇妙的故事就此开始。小智与皮卡丘又将一起开始新的冒险。另一方面,在超级机关城市阿佐特王国,大臣贾维斯得到了常年追求的终极发明——500年前诞生于阿佐特王国的人造宝可梦玛机雅娜。据说在玛机雅娜体内,有被称为“魂心”的未知力量,贪婪又邪恶的贾维斯企图利用这股力量来统治王国。小智和波尔凯尼恩将会如何化解彼此的嫌隙?波尔凯尼恩与玛机雅娜又有着怎样的渊源?他们要如何共同对抗贾维斯拯救阿佐特王国?玛机雅娜的最终命运又将如何结局?一场精灵宝可梦史上最伟大的战役即将展开!
千年以来,邪恶的迦尔拉帝国(Galra Empire)对其他星球的征服和破坏使得整个宇宙深受其害。对于帝国而言,唯一能威胁到并阻止他们的只有传说中的由5个机器狮所组成的100多米高的机器战士——被称为“宇宙守护者”的战神金刚(Voltron),驾驶它的人则被称为圣骑士(Paladins)。在阿尔提亚星球被迦尔拉帝国毁灭的前夕,战神金刚被阿尔提亚星球的国王阿弗尔(KingAlfor)分开,以阻止战神金刚落入迦尔拉帝国的君王扎肯之手。阿佛尔国王将五狮与女儿阿劳拉的生命之力连接到一起,并将其送到了宇宙的深处等待着下一代圣骑士的降临。阿劳拉公主,她的侍从克兰,以及藏着黑狮的狮堡(Castle of Lions)藏匿在阿鲁斯星球上。目前,迦尔拉帝国的征服和寻找战神金刚之路引导着他们向地球所在的太阳系袭来。一群宇宙飞行员:希罗,吉斯,兰斯,皮吉和汉克偶然间发现了蓝狮,并立刻被卷入了抗击迦尔拉帝国的战争之中。他们见到了阿劳拉公主,并成为了新的骑士,同时还重新将五狮合体为了战神金刚。从此展开了将众多星球从迦尔拉帝国的统治和奴役中解放的斗争。