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地球遭到哥斯拉的毁灭，Haruo的父母被杀害，他作为被选中的一员，逃离到了外星球。但新行星并没有适合人类的生存环境，于是被选中的人类只能折返。然而回到地球后，这里已经是2万年之后的世界了。人类与哥斯拉陷入了一场你死我亡的激烈决战。

这天，美国纽约附近出现了一些异常现象：太平洋上的海浪速度超乎寻常地惊人，巴哈马巨大的原始森林里竟然出现了一个类似恐龙脚印的巨大痕迹，动物们都惊慌失措，仿佛一股巨大的力量正向纽约席卷而来。原来，世界上频繁的核试验引起的核辐射导致了气候异常和最终导致岛上蜥蜴变异。现在，它正以越来越快的步伐向纽约逼近。这下，所有的人都慌了神，美国全国的所有力量都联合了起来，目的只有一个，就是在它踏入纽约前将它干掉！

来自美国《世界新闻》报社的记者斯蒂芬·马丁（雷蒙德·波尔 Raymond Burr 饰）乘飞机前往开罗，在东京转机期间却遭遇令他永生难忘的事情。日本方面一艘打捞船突然与陆地失去联系，前往救援的船只也不幸遇难。从幸存者的口中世人得知，这些遇难船遭到了恐怖的怪物哥斯拉的袭击。著名古生物学家山根京平博士对遭遇袭击的大户岛进行勘查，证实哥斯拉实为两百万年前侏罗纪时代存活下来的恐龙，由于受到原子弹的辐射和氢弹试验的影响而发生突变，并重现人间。人类面临空前的灾难，斯蒂芬成为了这场灾难的见证者。

1954年，正当原子弹的恐怖仍然徘徊于大部分日本国民的心中时，日本银幕上出现了一头比原子弹更恐怖，更具破坏力的大怪兽！可喜的是，在影片的结尾，怪兽终于被天才博士发明的秘密武器消灭，人类成了胜利者。这头被原子弹爆炸实验唤醒的侏罗纪时代恐龙科怪兽，名叫“哥斯拉”，源出于当代日本流行小说家香山滋的同名作品。原作以怪兽象征来自外界的巨大破坏者，再以细腻笔触刻画日本人的反应，以至应对方法。殊不知改编成电影之后，《哥斯拉》成了日本怪兽电影的代表作，成人观众以灾难片格局对待，青少年观众视“哥斯拉”为偶像。至2004年，《哥斯拉》电影足足拍了２８部，横跨五十年，不但见证了整个近代日本电影史，更于1998年被好莱坞发扬光大，让全球掀起了“哥斯拉”热潮。2004年11月29日，好莱坞为哥斯拉在星光大道上留下了自己的星徽，以纪念和表彰这头在全球范围内创下奇迹的日本国宝级怪兽。

拥有幸福美满生活的大兵福德（亚伦·泰勒-约翰逊 饰），内心隐藏着一个挥之不去的阴影。15年前，他和父亲乔伊（布莱恩·科兰斯顿 饰）、母亲桑德拉（朱丽叶·比诺什 饰）生活在日本。父母就职于一座大型核电站，就在乔伊生日当天，一场突如其来的灾难摧毁了核电站，他的母亲在灾难中丧生，语焉不详的政府隐瞒真相，以防止核辐射的名义封锁了该地区。但是乔伊却从种种异状觉察到反常之处，十五年来他一直试图揭开当天的灾难之谜，终于发现这一切都是由一只如山般巨大的怪兽所引起。怪兽哥斯拉从沉睡中苏醒，令人难以预测的灾难席卷而来……

动物基因组学（帝王计划）研究机构的一个小组在一座庙里研究着魔斯拉。她从幼体中孵出，在一群雇佣兵袭击这个机构时，魔斯拉逃了出去。然后她在一个瀑布包了茧，随后破茧而出，完成了全形态生长。在2014年，哥斯拉被整个世界看到后，“帝王组织”在水下建了一个基地，在这个位于水下好几英里的水中基地中，他们研究着哥斯拉和其它可能存在的生物。那是他们真正的研究核心。长期沉睡于地底和冰川里面神秘的巨兽在星球上面已经有上万，甚至好几万年的历史，它要把这个星球重新夺回它自己的手下。为了大自然的一个自然平衡物，哥斯拉苏醒了，它去消灭那些未来可能会去损害大自然平衡的生物。后来，哥斯拉和魔斯拉、拉顿以及它的强敌基多拉相遇。此前一直被认为只存在于神话当中的古老的超级怪兽一一登场，他们将为争夺“怪兽之王”而战，人类的生存也受到严重威胁。