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网络系统发达的都市：Den City。在大企业“SOL Technology社”设立的高度网络技术下，名为“LINK VRAINS”的VR空间被构筑起来，人们为这一VR空间当中的新决斗体验而狂热。在“LINK VRAINS”中，对决斗施加黑客攻击的神秘黑客集团“Hanoi骑士”出现了。他们的目标是，让据称存在于网络某处的“AI们的世界·Cybers”灭亡。一位决斗者阻挡在这些“LINK VRAINS”的威胁面前。他的名字是“Playmaker”。以压倒性的决斗击倒“Hanoi骑士”，并一言不发地离去，他的名字在网络世界一举成名。“Playmaker”的真正身份，高中生藤木游作，为了查明过去发生的事件真相，而追逐着出没于VRAINS的“Hanoi骑士”。

在近未来的城市「心之地」里，无论是大人或小孩都热衷于AR决斗。这城市的主角九十九游马热衷于这种决斗，但一直以来都是连败者。 　　某日，九十九游马与学校头号不良少年「鲨鱼」——神代凌牙决斗，而这场决斗将改变九十九游马的命运。于这场激斗中，出现在九十九游马梦里的诡异大门突然出现，并被九十九游马利用挂坠锁匙打开。大门散发出无数光芒，站着九十九游马身旁的是从异世界来的神秘生命体星光体！为取回星光体失去的记忆，星光体需拿回99张名字带有「No.」的多维怪兽卡，因此九十九游马及星光体两人开始一起行动。

游城十代在前往deueru学术高中的入学考试的途中与传说中挑战者武藤游戏戏剧性的相遇，并接受了1张卡片。但十代因此而迟到错过了考试。为此十代恳求cronos教授让他同过考试之后就展开了挑战者之路。本作品是继承了动画《游戏王－怪兽之决斗》世界观的新系列第2部。男主角从原作的武藤游戏更换为游城十代，一些基础设定也焕然一新。但舞台与《游戏王－怪兽之决斗》是同一个世界，前作的登场人物也有数名登场。

《游戏王》系列最初改编自高桥和希创作的漫画，后来因日本游戏公司KONAMI将其改编成了风靡世界的集换式卡牌游戏而为广大ACG爱好者熟知。一卷神秘的录像带，千年神器中千年眼的拥有者，贝卡斯·J·克罗佛多在录像带中使用黑暗决斗向武藤游戏挑战，但武藤游戏却因为时间终止而败北，武藤双六的灵魂也因此被千年眼的力量封印在灵魂封印卡中（漫画版为贝卡斯寄给游戏的录像带），武藤游戏为了救回灵魂被囚禁的爷爷，与伙伴们前往决斗者王国找贝卡斯决斗，与互信的伙伴们以及心中的另一个自己并肩作战。