时为十六年前。戴着面具的神秘男人将巨大的魔兽·九尾解放出来,遭受九尾袭击的木叶忍者村面临毁灭的危机。守护村子的方法只有一个。身为村子首领的第四代火影·水门,与其妻·玖辛奈一起,将九尾封印至出生不久的儿子·鸣人身上。二人以牺牲自己的生命为代价,才终于拯救了村子,并将其未来托付给了鸣人。 之后,时光流逝……。恐怖的忍者集团“晓”的成员,佩恩、小南、鼬、鬼鲛、蝎、迪达拉、飞段、角都等人,对木叶忍者村展开了袭击!鸣人等人奋力迎击来敌。然而,为何本该已死的“晓”成员会再度来袭?虽然残留着这个疑问,达成危险任务的忍者们还是得到家族的赞赏。但另一方面,连父母的相貌都无从得知的鸣人,感到了无比的寂寞……正在此时,面具男在木叶忍者村突然现身了。
十多年前一只恐怖的尾兽“九尾妖狐”袭击了木叶隐村,当时的第四代火影拼尽全力,以自己的生命为代价将“九尾妖狐”封印在了刚出生的鸣人身上。木叶村终于恢复了平静,但村民们却把鸣人当成怪物看待,所有人都疏远他。无可奈何,鸣人用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。在伊鲁卡老师的关心下,鸣人始终保持着乐观的精神。为了让更多的人认可自己,他下定决心要成为火影!鸣人怀着过人的自信与勇气开始了训练,但一切要比他想象的要困难的多!鸣人从小十分孤独,木叶村村民把他当成九尾的化身,当他是怪物看待。一晃十多年过去了, 鸣人考入了木叶村的忍者学校,结识了伙伴佐助和小樱。佐助是宇智波一族的末裔,当他还是小孩的时候他的哥哥——一个拥有强大实力的忍者将他们家族的人都杀死了,然后投靠了一直想集齐尾兽的晓组织,佐助从小就发誓要杀死哥哥,为家族报仇。鸣人他们在忍者学校得到了卡卡西老师的精心指点,在他的帮助下去迎接成长中的一次又一次挑战!不久之后,在卡卡西老师的带领下,鸣人与佐助、小樱一起踏上了修行之路。等待他们的将是无穷无尽的艰险挑战,而鸣人等人也在这生与死的较量中逐渐成长起来。