在遥远的未来,银河的尽头。人类正与异形的怪生命体展开生存之战。在激战中,少年兵莱德与其乘坐的人型机动兵器Chamber一起被吞入了不明的时空。在进入人工冬眠的状态后逐渐苏醒的莱德,来到了被遗忘的边境行星——地球。被海洋包围的地球此时以及是一片汪洋,地球上的人类们靠乘坐巨大的船只移动,同时不断打捞这旧文明留在海底的物品生存。被船队搭救的莱德登上了其中一艘大船Gargantia,而由于语言、文化、习惯等的不同,莱德对未知的环境感到非常困惑。但无可避免的他必须去学会如何与Gargantia上的人们共同生活,其中还包括少女艾米。于是,不同于战斗的,充满惊喜的翠星生活开始了!
