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该剧改编自天树征丸连载30年的漫画作品，由道枝骏佑出演天才高中生探侦的名义金田一一，描述在因缘巧合转学到许久不见的青梅竹马七濑美雪所就读的高中，开始和警方合作解开悬案的故事。

警部剑持勇(内藤刚志饰)为弥补当年没带老婆去渡蜜月，决定带她来趟邮轮之旅，却因经 济上的考量，而选择了前往小笠原岛的皇家飞翼号。向往铁达尼号情节的金田一(松本润饰演)，也参加了这趟旅行，而青梅竹马的美雪(铃木 杏饰)，更是找了神秘现象研习社的成员一起参加。或许是因为行程太单调，整艘船上乘 客只有8人，而航海员也只有6名。第一晚，当大伙在甲板上用餐时，神秘现象摄影家赤井表示，这艘船就是传说中的玛丽赛 雷斯特号，已经被幽灵船长所占据，大家听了虽害怕却不以为意。没想到隔天早上就发现 船长鹰森失踪，当剑持破门进入船长室时，发现房间里正在准备早餐，显示船长几分钟前 应该还在房里，却四处找不到他的人影。一等航海员若王子(伊武雅刀饰)认为，船长可能是失足坠海或是自杀，但金田一在电灯开 关上发现一个血迹，于是剑持便朝着他杀方向，对所有人进行不在场证明的调查。没想到 所有人的不在场证明都很完美，案情因此陷入了胶着状态……

FLASH动画「金田一少年事件薄」是以架空的TV电视台「channel5.5」为舞台，将各种名作漫画混杂起来的搞笑作品。

名侦探金田一耕助的孙子（父亲入赘，其实母亲才是金田一耕助的女儿）金田一一和青梅竹马好友七濑美雪、警察朋友剑持勇警部、对手明智健悟警视等伙伴，运用高超的推理能力，解决遭遇到的各种困难案件。