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在近未来的城市「心之地」里，无论是大人或小孩都热衷于AR决斗。这城市的主角九十九游马热衷于这种决斗，但一直以来都是连败者。 　　某日，九十九游马与学校头号不良少年「鲨鱼」——神代凌牙决斗，而这场决斗将改变九十九游马的命运。于这场激斗中，出现在九十九游马梦里的诡异大门突然出现，并被九十九游马利用挂坠锁匙打开。大门散发出无数光芒，站着九十九游马身旁的是从异世界来的神秘生命体星光体！为取回星光体失去的记忆，星光体需拿回99张名字带有「No.」的多维怪兽卡，因此九十九游马及星光体两人开始一起行动。

《游戏王》系列最初改编自高桥和希创作的漫画，后来因日本游戏公司KONAMI将其改编成了风靡世界的集换式卡牌游戏而为广大ACG爱好者熟知。一卷神秘的录像带，千年神器中千年眼的拥有者，贝卡斯·J·克罗佛多在录像带中使用黑暗决斗向武藤游戏挑战，但武藤游戏却因为时间终止而败北，武藤双六的灵魂也因此被千年眼的力量封印在灵魂封印卡中（漫画版为贝卡斯寄给游戏的录像带），武藤游戏为了救回灵魂被囚禁的爷爷，与伙伴们前往决斗者王国找贝卡斯决斗，与互信的伙伴们以及心中的另一个自己并肩作战。