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故事描述女主角小樱（木之本樱）与男朋友小狼（李小狼）和其他同学从小学毕业后升上初中的故事。在一次小樱做梦梦到53张樱之卡上面的图案都消失了，一名神秘人物出现之后库洛牌都碎掉了，小樱从这个梦醒来翻开封印之书发现库洛牌都变成透明的了。在与知世、小狼和艾力欧的讨论下，小樱重新踏上了收集透明牌的故事。

小樱和小狼的约定。

故事讲述10岁的木之本樱（小樱）打开了她父亲所研究的魔法书，意外把有魔法力量的咭释放。由于她把咭弄失了，所以要负责寻回。 于是看守古罗咭守护兽基路比罗斯，便给予小樱封印之杖，任命她为“Card Captor”（台译：库洛魔法使），陪同并帮助小樱寻找回魔法咭。 随后的故事，围绕着小樱寻找和收服古罗咭的经历而发展。在古罗咭收服完后，通过了身为审判者的月之考验，成为古罗咭的新主人。柊泽更引发不可思议的事件，让小樱将古罗咭转换为樱之咭，也避免了古罗咭魔力流失的危机。