银河移民船队“超时空要塞Frontier”终于击退神秘重机甲生命体“巴究拉”,但也付出了惨痛的代价,有数百人在此役中丧生。 临危出战的少年早乙女阿尔特在此役之后正式成为民间军事公司S.M.S的飞行员。他和当红歌姬谢莉尔•诺姆一同享受闲暇的时光,而在两人的鼓励下投身歌坛的兰卡•李则在属于自己的星路上努力迈进。 由于巴究拉的进攻恰逢出身Galaxy移民船队的谢莉尔来开演唱会,时机的巧合令Frontier政府怀疑她是Galaxy派来的间谍。得知此事后,阿尔特和谢莉尔发生了矛盾。 谢莉尔即将在Galaxy开演唱会,巴究拉又向Galaxy发动了攻击,得到战报的Frontier政府决定袖手旁观。谢莉尔只得以个人名义雇佣S.M.S的力量援救自己的船队。 谢莉尔的演唱会如期举行,S.M.S依约出兵增援。在Frontier,兰卡与远方的谢莉尔同时引吭高歌,她的歌声竟引来了大群的巴究拉。 少女们的歌里隐藏着什么秘密?在歌声回荡的宇宙中,人类与巴究拉展开了殊死之战……
A.D.2009,在经历了和巨大异星人Zentraedi的那场近乎导致人类灭亡的星间战争之后,幸存下来的人类和Zentraedi彼此融合,开始了以种族延续为目的的银河播种计划。 A.D.2059,人类为寻求可居住的行星,不断在银河系中探寻新天地。载有千万人的超长距离移民船团Macross Frontier(第25船团),航行于银河系中心附近。与Frontier临近的21番移民船团Macross Galaxy上在住之现役偶像歌手雪露·诺姆为举行演唱会来到Frontier。兰花·李在去Live途中邂逅作为飞行员候补生的早已女有人,三人的不期而遇,彼此的命运从此相互牵系! 而此时,Frontier遭遇不明敌人的强力攻击,移民船团上的人们又将何去何从?新的Macross物语即将展开!
西历2045年。以新超时空要塞7号舰为中心的第37次超长距离移民团——超时空要塞7——一边和神秘的巴洛达军多次交战,一边向银河的中心航行! 而在西历2046年。在战争的一角,本篇故事开始了…… 由于巡逻中的一次意外而辞去军职的女军官玛哈拉,退役当天因为意外事故死亡的部下之父对她怀恨在心,因而招来杀身之祸。在千钧一发之际救了她的人是个脚穿空中冰刀的少年御堂柴——一个绰号“黑色轰炸机”,粗野的T-CRUSH选手。相传柴是以往曾经亟欲获得天才飞行员名号,现在身为超时空要塞7舰长的麦克斯的私生子…… 对柴充满兴趣的玛哈拉带领新加入的成员,担任柴所属队伍的教练。担任经理、一心想成为歌手的艾妮卡对柴与玛哈拉的关系感到困惑不已。玛哈拉完全无视艾妮卡的感受,让柴与莫巴德展开了一场竞赛。虽然柴以自己拿手的技巧而挥洒自如,但却在最后一圈被接受玛哈拉指示的莫巴德打败。之后,柴就从队上消失了。艾妮卡担心他,为了寻找他而来到了工厂舰。在贫民区被混混抓住。最被玛哈拉搭救。 从玛哈拉那里得到讯息而到一间公寓找寻的艾妮卡,在那里看到了和美少年一起生活的柴。震怒的艾妮卡加上前来报仇的混混,一场大战就此展开……