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清朝初年，朝廷有令民间不得习武，少林寺方丈深知这是清廷视武学发源地的少林寺为肉中刺欲除掉的结果，预感少林寺迟早会遭大劫，决定广收俗家弟子予以栽培，将少林绝学遍布民间，以期造成“野草烧不尽”之势。消息一出，渴望习武的血性男儿纷纷响应，其中以方世玉（傅声 饰）、胡惠干（戚冠军 饰）、洪熙官（韦弘 饰）等人求武之心最诚，终入少林寺大门，与他们一同入寺的还有胡德帝（姜大卫 饰）、蔡德忠（狄龙 饰）等反清义士。众人虽为大义而来，各人心里却有不同的想法。成为正义一方的方世玉与胡德帝等人以少林绝学了却自己的仇恨后，发觉清兵已对少林寺展开偷袭行动，决意为少林寺赴汤蹈火。

隋朝末年，隋将王世充的侄子王仁则（于承惠 饰）在督建河防工事时，杀死了起来反抗暴虐的神腿张，但令其儿子小虎子跳河逃离虎口。小虎子被少林僧人救起收入寺中后，为报父仇毅然削发为僧，法名“觉远”（李连杰 饰）。王仁则的侍卫长遇见牧羊女白无瑕（丁岚 饰）后垂涎其美色，强行将其抢回府并欲酒 后施暴，恰巧被只身前来报仇的觉远发现。在救白无瑕逃生的过程中，觉远因武功欠佳被王仁则刺伤，促使其回到少林寺后更加刻苦练功。后因觉远救援被王仁则追赶的李世民，少林寺遭遇劫难，觉远身上的责任更重一层。

20世纪20年代，时局动荡，天下大乱，华夏大地无有一片宁静之所。群雄并起，军阀混战。军阀少帅侯杰（刘德华 饰）纵横捭阖，骄横跋扈，视平民如草芥，却难逃自身劫数。正所谓城头变换大王旗，侯杰转眼间辉煌不在，副官曹蛮（谢霆锋 饰）伺机上位、妻子颜夕（范冰冰 饰）离去、女儿身亡，种种打击令这个昔日的乱世修罗万念俱灰。落魄至少林寺期间，侯杰先后结识悟道（成龙 饰）、净能（吴京 饰）、净海（余少群 饰）、净空（释行宇 饰）等僧众，并慢慢领悟了宿世的罪障因果，遂放下贪嗔痴慢疑之心，诚心向佛。与此同时，更大的磨难正向少林袭来。

明末，农民起义风起云涌，关外满族又蠢蠢欲动，世间生灵涂炭，明朝守将关志远被叛徒出卖，被敌人里应外合，边关失守，致使全军覆没。危难之际，唯一的儿子关少龙被少林寺的高僧救起。关少龙身负国仇家恨，在少林寺苦练武功，十年之后，当他学成期满时，按照少林寺的规矩，只有经过少林寺十八铜人巷的考验才可以下山。经过艰苦奋战，少龙终于如愿以偿。而这时他也知道父亲当年是被一奸细出卖，而这奸细如今已经是高官而且武功奇高，凭借勇气和不服输的劲头，经过一场血战，终于手刃仇人，报了血海深仇。

明末，农民起义风起云涌，关外满族又蠢蠢欲动，世间生灵涂炭，明朝守将关志远被叛徒出卖，被敌人里应外合，边关失守，致使全军覆没。危难之际，唯一的儿子关少龙被少林寺的高僧救起。关少龙身负国仇家恨，在少林寺苦练武功，十年之后，当他学成期满时，按照少林寺的规矩，只有经过少林寺十八铜人巷的考验才可以下山。经过艰苦奋战，少龙终于如愿以偿。而这时他也知道父亲当年是被一奸细出卖，而这奸细如今已经是高官而且武功奇高，凭借勇气和不服输的劲头，经过一场血战，终于手刃仇人，报了血海深仇。

西门得宝是一个胸无大志的客栈老板，为了招揽生意，他吩咐小弟屠昊等人假扮劫匪打劫路人，关键时刻自己假扮“宝将军”出手相助，然后引导客人进店消费。好景不长，西门得宝的骗局被一个神秘僧人戳穿，一帮人过去挑衅被打得落花流水。祸不单行，灵州刺史何骁为了夺取藏在客栈里的藏宝图，杀害钦差大臣，并嫁祸于西门得宝。一夜之间，西门得宝成了朝廷通缉的要犯，在逃命过程中儿子有肉跌落山崖，危难之际他被僧人搭救。为了洗清罪名，找到陷害自己的真凶，西门得宝跟随和尚修炼武功，踏上了一条复仇之路。西门得宝的家族与少林寺的渊源，小弟屠昊的背叛阴谋也随之被一一揭开。