真实身份谜团重重、每个人都有着复杂背景的危险一家——赤井家族。在来叶崖假死的FBI探员赤井秀一,《名侦探柯南:绯色的不在证明》以他为中心展开,揭开了赤井秀一、世良真纯、羽田秀吉、玛丽等人的个性,以及他们几人之间的关系。故事的高潮则在讲述赤井秀一华丽复活的“绯色”系列。在某个事件中,赤井秀一的宿敌、代号为波本的安室透从FBI那打听到了“线索”之后,安室透便深入调查赤井秀一与冲矢昴的关系。在经过了一系列的高智商攻防战后,赤井秀一的回归给所有人带来了冲击。而在这一连串的“不在场证明剧”的真相背后,都有着柯南的身影——《名侦探柯南》系列中不可缺少的赤井一家,该总集篇将彻底解剖他们至今为止的行动轨迹、以及他们与柯南的关系。
19世纪末沉入新加坡近海,全球最大的蓝宝石“绀青之拳”,被当地的富豪看中想要回收,当他出现的时候,却发生了杀人案。现场留下了怪盗基德的血色预告书。另一方面,为了观赏在新加坡举行的空手道比赛,小兰和园子一起来到了新加坡。而没有护照的柯南只能留在日本,不过却被基德用魔术的方法强制带去了新加坡。如果不听话就回不去日本,于是柯南只能被剥夺了眼镜、手表、衣服等等进行变装,当被没认出他来的小兰问到名字时,自称“亚瑟·西莱斯”。基德获悉了沉睡于某宅邸地下金库的绀青之拳的情报,轻松地成功潜入,却发现400战全胜的最强空手道家京极真站在了面前。新加坡的象征滨海湾金沙酒店沾染了鲜血,基德的命运是……在那之后,就如预兆着什么不祥之物一般,从新加坡的象征——鱼尾狮中放出了被染为鲜红的水。
某个漆黑之夜,日本警察内部遭间谍侵入。英国的MI6(英国陆军情报六局,即军情六处)、德国的BDN、美国的CIA(美国中央情报局)等各国情报机关,甚至FBI(美国联邦调查局)的机密数据都被窃取。千钧一发之际,安室透率领公安警察(公安调查厅)及时赶到。间谍夺车而逃。安室与其在高速公路上进行了激烈追逐,就在其它车辆也将被牵连其中而酿成惨案的瞬间,间谍的车被FBI赤井秀一的来福枪子弹击中,从公路上坠下。第二天,柯南一行人到东都水族馆游玩。刚刚翻新的水族馆盛况空前。在其特色卖点巨大摩天轮之下,柯南发现了一名独自站在那里的外表端庄秀丽的受伤女子。定睛一看,她左右眼虹膜的颜色是不同的,即俗称的“Odd Eye”。 可是,女子已是连自己的名字也不记得的失忆状态,所带的手机也已损坏。柯南等人商定帮助她找回记忆,就这样与她一同行动。而这被贝尔摩德在暗中从头至尾监视着。随后贝尔摩德拿出了消音器,对着身上的通信器说道—— “我也有这个打算哦,琴酒。”
堂本一辉是著名的钢琴演奏家,两年前突然宣布不再演奏钢琴转而攻向管风琴,更斥资建造了堂本音乐厅,准备在落成之日举行演奏会。然而在演奏会之前,堂本音乐学院的学生相继死去,先是爆炸案,后是单个被杀。园子带着柯南一行人来听排练,认识了女高音歌唱家秋庭怜子,拥有绝对音感的秋庭也开始遭遇到危险:润生茶被下药、作森林浴时遭遇空气枪袭击、试演会当天更遭击晕。然而就是从这些事件中,柯南找到了推理的逻辑:凶手试图把秋庭排除在凶杀外。这边已经正式开演的演奏会浑然不知音乐大厅外已是爆炸连天,小兰、灰原哀以及演奏厅内的一千多人顿时危在旦夕,绝对音感成为了唯一的救命线索。柯南找到了爆炸的逻辑,要在罪犯引爆最后一个炸弹前,把他找出来。