由指挥官展瀚韬领导的飞虎队行动组A Team,经过一年的合作,各队员渐渐成熟,合作也更有默契,而面对的新挑战也接踵而来。随着旧拍档相继离队,俞学礼等A Team成员摇身一变成为大师兄,以身作则带领一批新队员。大家都认定展瀚韬是总督察的最佳人选,但最后总督察却由潘子龙担任,众队员诧异之余,更要重新适应潘子龙的新作风。展瀚韬的最佳拍档、飞虎队狙击手庄卓源与女友丁慧慧彼此认定为终身伴侣,丁慧慧为支持庄卓源,深入了解庄卓源的工作,竟辞去空姐一职考入警队。庄卓源感情生活稳定,但工作却遇到瓶颈。另一边,一心想成为女飞虎的苏文强,经过多重辛苦训练,终于如愿以偿。飞虎队成员在每一次执行任务中都竭尽全力,不畏生死,但很多人最终也因此受伤甚至牺牲,更是因为多次出生入死,他们彼此都成为了很好的兄弟。
宋慈原是一个饱受歧视的棺材遗腹子,一直靠打更为生,不料一宗命案改变了他的人生。因分地纠纷而找村长理论的宋慈与劫富济贫的江湖女贼唐思意外地卷入了谋杀村长的案中,被判死刑,后得到新知县宋翊及验尸官相助,沉冤得雪。宋翊聘宋慈为忤作,两人合作屡破奇案,声名大噪。唐思因宋翊救命之恩,暗生情愫,但宋翊已与聂枫发展感情。这时一名长相与宋翊一模一样的人突然出现,原来假宋翊为求功名,将真宋翊推下山崖冒名顶替,做起了知县,后又攀附权贵,抛弃聂枫而娶富家女蓝彩蝶为妻,岂料蓝家早已外强中干,负债累累。假宋翊感到蓝彩蝶是他的负担,故设计陷害,其奸险面目渐渐表露,但他每次行凶时非常谨慎,都要彻底毁尸灭迹。宋慈无计可施之际,意外地发现了真宋翊的尸体,经过艰苦地调查取证,在唐思和聂枫的帮助下,最终惩戒了凶手,伸张了正义。
豪华别墅发现一个漂亮女孩的尸体,刑警队长郭子健带队赶到现场。经查证:死者何小雨,新婚;令其致命的凶器是家中的刀具一把,没有丢失财物,也没有盗窃和打斗迹象。人人看到她丈夫五友安不久前与小雨发生激烈冲突然,五友安无法证明案发时不在现场,成为重要嫌疑人。小雨的尸体报告揭示出令人震惊的事实。死者是经过变性手术之后由男人变成女性,而且生前曾遭遇性侵。一波未平,刑警队又接到报案:市郊的鱼塘边发现一名女性的尸体。经检验死者胃中有大量烈性安眠药,衣服上留有精斑。在死者的办公室刑警队发现了遗书,遗书中声称其是被顶头上司王处长多次奸污,才愤然走上轻生之路。经DAN对比,精斑为王处长所留,看来真相大白了,可是过于简单的案情上起了刑警队长郭子健的疑虑......
日、月齐上路找金斧破金锁,途中结识段飞,日、月找到金斧,终破开金锁,惟未洞悉河妖原来藉此放走妖王,尚幸日、月误打误撞以神剑锁住妖王。月结识柳小,二人共坠爱河,但因飞喜欢蝶之故,对月怀恨,后来,日、月发现蝶乃雀妖,日要除妖,月阻止,蝶魔性大发,日、月欲借菁菁运功替她除魔,但失手,令二人互换元神,此后四人谈情要互换对象,尴尬不已。日、月千方百计令二女换回元神,反令蝶昏迷,元神入了菁身体,变成一个身驱两个元神,闹出更大笑话。小蝶的元神被终被内力打出,寄在一直小麻雀身上,幸阿月巧遇一酷似蝶之苗疆公主,将蝶之元神送入公主体内,才解决此问题。正当日、月两人陶醉爱河之际,段飞率众妖来袭,利用娇娇女将月缩小,日、月千辛万苦才打败燕,但妖王又破窍而出……
明朝崇祯皇帝登基后,权倾天下的大太监魏忠贤被弹劾辞官,阉党覆灭。锦衣卫授命追捕阉党,这一任务被指派给卢剑星(王千源 饰)、沈炼(张震 饰)、靳一川(李东学 饰)。这三人是结拜兄弟,不料想这桩不错的差事,却为后来三人的命运转变埋下了隐患。卢剑星、沈炼、靳一川三人各有特点,也各有心事。大哥卢剑星沉着稳重,一心想达成父亲的遗愿成为锦衣卫百户;二哥沈炼内敛隐忍,做人做事一心为兄弟着想,暗恋着沦落教坊司的女子周妙彤(刘诗诗 饰);三弟靳一川则有着不可告人的过去,被师兄丁修(周一围 饰)暗中勒索。三兄弟奉命追杀魏忠贤(金士杰 饰),一场殊死搏斗之后,带回了大太监魏忠贤的尸首,本以为凭此大功,三人的夙愿皆可实现。但随着验尸、阉党报仇等事件的发生,三人沦为众矢之的,危险也越来越大。