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星奏学院分为音乐科和普通科，香穗子意外被选为院内演奏会的参赛者。这个比赛无法报名参加，必须经由特殊管道--即看得见传说中的妖精的人，才能参加。 期待已久的星奏学院音乐会终于到了，怀着紧张的心情，香穗子在后台等待着上场。就快轮到她了，伴奏却迟迟不见人影，她急忙到处寻找，好不容易看见伴奏，却听到她正在打电话告诉朋友打算放香穗子鸽子，因为对香穗子这样只是一介普通科学生，竟然能登台表演，感到非常不满。在不得已、无伴奏的情情之下登台表演，幸好同为普通科的土浦仗义帮忙，得以渡过这次难关。 虽然是这么惊险，名次发表当然敬陪末座了。不久合宿集训来临，这群各有特色的参赛者各自怀着心思，透过合宿生活，增进彼此的认识。

在1、2代的八年后，故事围绕着为了提升琴艺转学到星奏学园的小日向奏，在住进了宿舍并误打误撞的加入了校内的室内乐部后，开始和众多男角们展开校园生活。女主和乐团成员们为了进军“全国大会”，在暑假期间开始了苦练……

即使学院内部的音乐会已经结束，香穂子还是如往常般继续着小提琴的练习。 怀着想要缩小和其他参赛者的实力差距，以及想要拉小提琴的执念，香穂子专心致志地努力练习着。 偶然看到香穂子练琴的少年・卫藤桐却对她投来了冷嘲热讽。此外，更加使人震惊的是，下届理事长・吉罗晓彦的登场！震惊之余，香穂子的面前，谜样的转校生・加地葵出现……