故事围绕拓人、和子、须方三人的相会和共同经历展开。
拓人来到了被碧海蓝天环绕的南海孤岛——南十字岛,满怀对新期待地开始了高中生活。海岛地下沉睡着数台Cybody,神秘组织绮罗星十字团计划破除Cybody的封印并将其力量应用到现实世界。Cybody封印由四名巫女守护,而和子正是四名守护巫女之一。为了将和子从宿命的束缚中拯救出来,拓人乘着Cybody"Tauburn"战斗,试图破坏掉所有的Cybody。然而,须方竟然是继承最强Cybody"King Samekh"之人!故事在向着无法预料的方向发展......
