高校生伊达京介某夜看到母亲倒在血泊中，母亲在向京介说了一句抱歉后用刀刺中他的心脏。
京介清醒后遇到一位叫岬真夜的女性，真夜从坟墓中将他救出，对京介有着莫名的怀念感。隔天，到母亲墓前的京介遭到杀手的袭击，被名为壬生的男子所救，并告知有个从未谋面的双生妹妹琉奈和包括真夜在内有无数复数分身Flicker的存在，还有狙击琉奈与Flicker的多国籍企业桐原集团暗中活动着。
后来遇到危险时京介变身成为拥有强大力量的（Soul Taker），为了保护妹妹和Flicker，还有了解这一切谜团，京介和同伴们踏上旅途。但他没想到他面对的敌人中还包括着他的亲人……
